Neptuno, nuestra protagonista, se despierta en una tierra familiar pero no recuerda nada más que su nombre. Con la ayuda de una misteriosa chica llamada Chrome, Neptuno se embarca en un viaje para recuperar sus recuerdos, junto con otras tres caras familiares de la serie Neptunia. Pronto se dan cuenta de que el mundo está siendo atacado por un enemigo que quiere llevar la civilización a la época en que los juegos 2D dominaban el mercado. Podrán salvar el mundo y los juegos en 3D tal como lo conocemos, o serán aplastados en dos dimensiones para siempre?.
